Genom (DNK) kafe godinama je predmet naučnih istraživanja. Nedavno su objavljeni rezultati koji su pokazali neverovatnu podudarnost utvrđenih hromozomskih regiona kafe sa hromozomskim regionima vinove loze, kao i visoku podudarnost sa genomom paradajza. Otkriveno je da je većina genetskih struktura kafe sorte Robusta odgovorna za dve glavne funkcije, a to su odbrambeni sistem biljke i metabolički procesi. Genom kafe uključuje nekoliko specifičnih gena važnih za odbrambene funkcije biljke, među kojima i N-metiltransferaze (NMT), koje učestvuju u biosintezi kofeina.